在蛋白质组学研究中，“定量”技术的选择决定了实验的分辨率、可靠性与应用广度。面对多样化的样本类型与科研目标，研究人员往往在“无标记定量蛋白质组学（Label-Free）”与“标记定量蛋白质组学（Labeling，如TMT、iTRAQ）”之间难以抉择。这篇文章将从原理、性能、适用场景、成本效益等维度，全面解析两大策略的优势与局限，帮助您科学决策，少走弯路。

一、基本原理：定量策略的核心差异

1、无标记定量蛋白质组学（Label-Free Quantification, LFQ）

LFQ不借助任何化学或代谢标签，直接通过质谱信号强度或谱图数量反映肽段丰度。样本单独上机分析，后续通过算法对齐和归一化处理，得到相对表达量。

（1）MS1强度法：基于肽段离子峰面积

（2）谱图计数法：基于MS2识别频次

2、标记定量蛋白质组学（Labeling-Based Quantification）

该策略通过为样本打上“分子条形码”，实现样本混合后共上机分析、共离子化、共测定，最大限度减少技术偏差。主流方法包括：

（1）TMT/iTRAQ：异重同位素标签，最多支持16通道样本并行比较

（2）SILAC：在细胞培养阶段引入稳定同位素标记，保证生物学一致性

百泰派克生物科技为不同实验需求提供全套LFQ与TMT定量服务平台，覆盖人、动物、植物、细菌等多样本类型。

二、性能对比：谁更精准？谁更高通量？

三、选择指南：不同科研目标该怎么选？

对于大规模临床样本的蛋白表达筛选，如肿瘤患者组织、血液或体液样本的蛋白质谱分析，推荐优先选择无标记定量蛋白质组学策略。这类研究样本来源广泛、数量庞大，通常需要分批采集与滚动分析。LFQ具备高通量、成本低、样本可自由组合等优势，尤其适合此类探索性研究。

如果您的研究聚焦于药物作用机制解析或靶点验证，如细胞系在不同处理条件下的蛋白表达变化比较，建议选择标记定量蛋白质组学TMT或iTRAQ等策略。该方法可在同一次质谱分析中并行检测多个处理组，避免了批次偏差，同时对低丰度蛋白具有更强的检测灵敏度，尤其适合需要高重复性、高精度比较的药理学研究。

若目标是探索生物通路或构建调控网络，可根据样本数量灵活选择策略。样本数量较少时，TMT能提供更一致的数据基础；样本量较大或长期积累时，则建议选择LFQ，并结合数据独立采集（DIA）方式，以获取更全面、更可重复的蛋白表达图谱。

四、最新趋势：定量蛋白质组学技术融合正在兴起

1、DIA-LFQ：结合DIA全面数据采集与LFQ灵活定量

可显著提升数据完整性与差异蛋白一致性，成为LFQ升级版。

2、LFQ+TMT混合策略

部分样本采用TMT标记进行深度分析，剩余样本通过LFQ完成大规模扩展，实现“精+广”的双重优势。

3、多组学集成分析（Proteomics + Transcriptomics）

无论LFQ还是TMT，最终目标是结合多维数据，深入理解生物系统运行机制。

百泰派克生物科技：为您做出“对的选择”保驾护航

我们为科研客户提供全面的定量蛋白组学技术解决方案，包括：

• LFQ、TMT、DIA等全策略平台
• 多类型样本（细胞、血液、组织、外泌体等）兼容
• 丰富的差异分析、通路富集、PPI网络构建经验
• 专业生信团队支持论文发表、课题申报

无论您是初次涉足蛋白质组学，还是正筹备重大科研项目，百泰派克生物科技都将是您可信赖的科研伙伴！无标记定量蛋白质组学与标记定量蛋白质组学各具优势，关键在于项目目标、样本特征、预算资源的综合考量。真正懂技术的科研服务平台，能为您科学“选型”，助力数据可信、结果可靠、成果高效产出。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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